В 1999 году после завершения программы модернизации, аэропорту присвоен статус «международного». Современный аэровокзал для обслуживания пассажиров и иностранных туристов обладает пропускной способностью до 150 пассажиров в час. Ежегодно услугами аэропорта пользуется свыше 90 тыс. пассажиров, среди них более 15 тыс. иностранных туристов. Международный терминал предоставляет пассажирам весь комплекс услуг в соответствии с мировыми стандартами. В здании аэровокзала расположены оснащенные современным оборудованием залы прилета и вылета; просторный зал ожидания, служба справочной информации; буфеты, магазины, медицинский пункт, камера хранения; пункт обмена валют; кассы по продаже авиабилетов. Дизайн залов обслуживания официальных делегаций и повышенного комфорта выполнен с элементами национального стиля.

От аэропорта до исторического центра города курсируют автобусы и маршрутные такси. Рядом с аэровокзалом расположена удобная и вместительная круглосуточная автостоянка.
Из аэропорта Бухара выполняются ежедневные рейсы в столицу Узбекистана – Ташкент, а также пять раза в неделю – в аэропорт «Домодедово» (Москва) и один раз в неделю в аэропорт «Пулково» (Санкт-Петербург). Осуществляются грузовые авиаперевозки по всем направлениям и в неограниченном количестве. Выполняются чартерные программы по перевозке пассажиров и грузов в страны СНГ и дальнего зарубежья.
По итогам деятельности за 2008 год международный аэропорт «Бухара» был признан лучшим в номинации «Лучший аэропорт года» среди аэропортов стран СНГ, входящих в ассоциацию «Аэропорт» и награжден кубком и почетной грамотой.
По итогам работы за 2009 год международный аэропорт Бухара отмечен почетной грамотой и кубком ассоциации «Аэропорт» в номинации «Перспективно развивающийся аэропорт».
Согласно Постановлению Кабинета Министров Республики Узбекистан «О дополнительных мерах по расширению внедрения на предприятиях республики систем управления качеством, соответствующих международным стандартам» международный аэропорт Бухара, выполнив комплекс мероприятий по внедрению СМК в 2010 году, был сертифицирован компанией ООО «Русский регистр» с вручением международного сертификата качества по стандартам ISO 9001:2008.
В марте 2011 года планируется открытие нового международного пассажирского терминала пропускной способностью до 400 пассажиров в час и грузового склада. Они будут оснащены самым современным оборудованием, позволяющим поднять уровень обслуживания пассажиров и грузовой клиентуры в соответствии с требованиями международных стандартов.